刑法的二阶层理论认为，判断一个行为是否构成犯罪需要先考虑客观违法阶层，再考虑主观责任阶层。危害行为是客观阶层考虑的起点，也是入罪的逻辑起点，其实质特征在于法益侵害性。界定了某行为符合客观构成要件且不具有违法阻却事由后，还需考虑主观阶层，进一步明确主观构成要件和本罪的性质，以限缩入罪范围。
　　关于虚开增值税专用发票罪主观方面需出于故意，理论界、实务界都无争议，但是否需要特定目的则争议不断。本罪目的犯与行为犯之争，需结合本罪的历史渊源解读。在增值税制度设定初期的20世纪90年代，我国处于手工开票阶段，对增值税专用发票的监管不严，实践中也没有出现对开环开、虚增业绩等新型虚开行为，因此，司法实务中倾向于认定本罪为行为犯，即不要求在客观上造成国家税收的损失，也不要求行为人主观上具有抵扣税款的目的，只要实施了虚开增值税专用发票的行为，一般就认定行为人构成本罪。1995年全国人大常委会发布的《决定》中，没有规定“虚开”行为要以骗取国家税款为目的，也印证了当时的立法倾向。
　　随着增值税专用发票制度的推行，实践中出现了各种各样不以偷逃税款为目的的虚开行为。[1]但在大多数的判决中，仍仅载明“被告人某某违反国家税收征管的相关规定，虚开增值税专用发票，虚开的税款数额巨大，其行为已构成虚开增值税专用发票罪”，说明司法认定上仍将虚开增值税专用发票的行为理解为单纯的行为犯。笔者认为，这是不符合本罪的犯罪构成和立法原意的，此种定罪思路并没有区分基于不同目的的虚开行为，比如，以虚增交易业绩为目的的虚开与以抵扣税款为目的的虚开，实际上二者有本质上的不同，一律认定构成本罪并不妥当。