一审法院认定，为加强太湖流域畜禽养殖污染防治和综合利用，根据《畜禽规模养殖污染防治条例》、国务院2015年4月2日制定的《水污染防治行动计划》及江苏省人民政府办公厅2016年7月12日制定的《江苏省整治通知》，金坛区政府办公室于2016年10月18日制发了《金坛实施意见》，明确：到2017年5月底，全面关停取缔禁养区一定规模的生猪、水禽养殖，基本完成其他畜禽养殖污染整治；全区畜禽养殖实行分区管理，并明确了禁养区、限养区以及适养区范围；在禁养区范围内，已有的生猪（常年存栏在5头以上）、水禽（鸭、鹅常年存栏在50羽以上）养殖场（户）原则上全部关停取缔，其他畜禽养殖场（户）（肉鸡、蛋鸡、羊、鸽、孔雀等）若建有污染防治配套设施或对畜禽养殖废弃物进行综合利用和无害化处理，且不影响周边环境和居民生活的可以保留，否则一律关停取缔；关停取缔拆除补贴经费由区、镇（街道）共同承担，区财政补贴标准为砖瓦圈舍150元/平米，简易大棚圈舍60元/平米；在2017年2月底前完成任务的，对拆除的砖瓦、简易大棚，区财政分别给予30元/平米、10元/平米的奖励；在2017年3月1日至4月底前完成任务的，奖励资金减半；2017年5月1日至5月底完成任务的，只享受拆除补助资金；超过2017年6月1日尚未完成任务的，经费全部由镇承担。东城街道办事处于2016年10月28日制定了《东城街道工作方案》，决定成立由街道办主任任组长的东城街道畜禽养殖污染整治及综合利用工作领导小组。浩茵奶牛养殖场位于金坛区政府划定的禁养区范围之内。

　　2018年7月3日，东城街道办事处向浩茵奶牛养殖场作出《告知书》称：浩茵奶牛养殖场所在区域已被划定为禁养区，按要求全部关停取缔，该场停养奶牛已有2年，如再行养殖，对周边环境和居民生活造成影响，区环保、农林等部门将依据相关法律法规及政策规定予以强行关停取缔，一切损失及后果由浩茵奶牛养殖场自行负责。同日，工作人员向浩茵奶牛养殖场送达了《告知书》，就禁养区及相关政策、企业转型及补贴等问题向浩茵奶牛养殖场进行了释明，并就评估及补偿问题与浩茵奶牛养殖场进行了协商，但未能协商一致。2018年7月13日，浩茵奶牛养殖场提交书面情况说明称：养殖场于2005年6月建成，陆续投入资金1500多万元，占地36亩，原有奶牛350余头，牛舍、仓库、工人宿舍、办公室等用房近6000平米；2015年奶牛养殖行业市场不景气，牛奶滞销，欠银行贷款180万元和民间贷款120万元，2016年10月底决定暂时减少奶牛养殖数量，划出部分区域种植食用菌，但转型未成功；大部分场地仍养殖奶牛，包括砖混结构牛舍、饲料房和工人宿舍、挤奶房、药房和犊牛房、堆料房、沼气池、堆粪房、化粪池、干湿分离池以及相关养殖设备；自2017年评估开始，预定的奶牛未进厂，损失定金5万元；2017年2月至2018年7月，2个牛舍停产停业，每只小奶牛可得净利润5000元至6000元；2018年损失70头奶牛定金10万元；希望给予资金补助帮助企业完成转产。2018年7月24日，街道工作人员再与浩茵奶牛养殖场并就评估以及补偿问题进行了协商，但仍未能协商一致。

　　2018年10月19日，江苏天仁房地产土地资产评估有限公司出具了《关于金坛市浩茵奶牛养殖场现场设施情况的说明》，称：因浩茵奶牛养殖场多次向东城街道办事处要求补偿，公司受东城街道办事处委托，于2017年2月26日对浩茵奶牛养殖场牛棚附属设施进行了清点登记；用于养牛的牛棚共有四栋，其中部分附属设施已经被拆除并集中堆放。同日，金坛经济开发区畜牧兽医站出具《关于常州市金坛市浩茵奶牛养殖场情况的说明》称：浩茵奶牛养殖场建于2006年，基本保持在100至200头左右的存栏规模；2015年以来受国内牛奶行情影响，牛奶一直滞销，已经无法维持正常生产，养殖场负责人崔进好多次表达转型做食用菌的想法；2016年8月，金坛经济开发区畜牧兽医站站长陈斌和员工陈涛现场查看时发现两幢牛舍正在改造用于培育食用菌，养殖设施已被拆除，现场未发现有奶牛，崔进好称全部奶牛已于7月份卖出，正准备发展食用菌。

　　另查明，2005年10月10日，崔进好与薛庄村委签订租用18.2亩土地办奶牛场的租地协议，租期十五年，自2005年10月10日至2020年10月10日止。浩茵奶牛养殖场于2006年6月28日领取企业投资项目备案通知书，于2006年7月11日经工商核准登记成立，于2008年经原国家环境保护总局审批领取建设项目环境影响评价资质证书，于2011年6月20日领取动物防疫条件合格证。2016年，浩茵奶牛养殖场向区农业局和区财政局以食用菌工厂化栽培高效设施建设项目为由申报市级政府专项资金，项目内容包括4000平方米工厂化食用菌种植的菇房改造，其中包括新增制冷设备4台套、加温设备4台套、其他设备机械5台；但申请未能最终获批。2016年7月11日，浩茵奶牛养殖场与扬州恒佳工程设备有限公司签订总价为1677450元的蘑菇房空调、通风、采暖、菇架设备采购及安装协议。2016年11月08日，浩茵奶牛养殖场经核准办理了个人独资企业变更登记，经营范围由“养殖奶牛”变更为“养殖奶牛、食用菌种植和销售”。

　　一审法院认为，《中华人民共和国行政许可法》第八条规定，行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可；由此给公民、法人或者其他组织造成财产损失的，行政机关应当依法给予补偿。为加强太湖流域畜禽养殖污染防治和综合利用，根据《畜禽规模养殖污染防治条例》、国务院《水污染防治行动计划》及江苏省人民政府办公厅《江苏省整治通知》等要求，金坛区政府办公室于2016年10月18日制发了《金坛实施意见》，明确划定了禁养区、限养区及适养区范围。2018年7月3日，东城街道办事处以书面方式告知浩茵奶牛养殖场其所在区域范围已经被划定为禁养区，按要求全部关停取缔，不得再行养殖。位于禁养区范围之内的浩茵奶牛养殖场于2006年6月28日经审核领取企业投资项目备案通知书，于2006年7月11日经工商核准登记成立，于2008年经原国家环境保护总局审批领取建设项目环境影响评价资质证书，于2011年6月20日领取动物防疫条件合格证，虽然于2016年自行部分转型，但养殖奶牛这一许可仍然有效，直至2018年7月3日被通知不得再行养殖。由于浩茵奶牛养殖场经营范围中仍然保留“养殖奶牛”这一行政许可，无论其是否转型以及是否实际养殖了奶牛，浩茵奶牛养殖场都可以根据市场情况自行选择是否养殖奶牛，而金坛区政府划定禁养区的行为以及东城街道办事处书面通知浩茵奶牛养殖场不得养殖的行为，客观上造成该场继续养殖奶牛这一经营自主行为被迫中止，导致其已经获得的养殖奶牛这一行政许可被实际撤回。基于上述事实，浩茵奶牛养殖场有权获得行政补偿。金坛区政府关于其不是适格被告，以及东城街道办事处关于浩茵奶牛养殖场已经转型、不再养殖奶牛的答辩理由不予支持。

　　《最高人民法院关于审理行政许可案件若干问题的规定》第十四条规定，行政机关依据行政许可法第八条第二款规定变更或者撤回已经生效的行政许可，公民、法人或者其他组织仅主张行政补偿的，应当先向行政机关提出申请；行政机关在法定期限或者合理期限内不予答复或者对行政机关作出的补偿决定不服的，可以依法提起行政诉讼。本案中，根据2018年7月3日以及2018年7月24日双方协商情况，以及2018年7月13日浩茵奶牛养殖场提交的书面情况说明，结合江苏天仁房地产土地资产评估有限公司2018年10月19日出具的《关于金坛市浩茵奶牛养殖场现场设施情况的说明》，足以证明浩茵奶牛养殖场曾向行政机关提出行政补偿申请，由于双方未能达成一致，同时金坛区政府和东城街道办事处均未能及时作出补偿决定，因此浩茵奶牛养殖场有权提起本案诉讼。

　　《中华人民共和国环境保护法》第三十一条规定，国家建立、健全生态保护补偿制度；有关地方人民政府应当落实生态保护补偿资金，确保其用于生态保护补偿。但对于补偿主体、补偿标准、补偿范围等问题，由于法律缺乏相关具体规定，因此本案的争议焦点在于如何对浩茵奶牛养殖场进行补偿：

　　一是关于补偿的主体问题。《中华人民共和国环境保护法》第三十一条规定，有关地方人民政府应当落实生态保护补偿资金，确保其用于生态保护补偿。《畜禽规模养殖污染防治条例 ······